Schnittpunkt
Der Hauptbahnhof liegt nun genau am Schnittpunkt der Nord-Süd Verbindung und der ost-westlichen Stadtbahnlinie. Auf den Gleisen 1 - 8 im Tiefgeschoss des Bahnhofes oder auf den Gleisen 11 bis 14 im Obergeschoss laufen die Züge ein. Darüber hinaus sind die Gleise 15 und 16 für die S-Bahn reserviert.
Täglich halten rund 225 Züge des Fernverkehrs, 325 Züge des Nahverkehrs sowie 627 S-Bahnen im Bahnhof[.
Auf der Stadtbahn-Trasse fahren Züge in östlicher Richtung über den Ostbahnhof bis nach Frankfurt (Oder), und weiter nach Polen. In westlicher Richtung laufen die Gleise zum Bahnhof Charlottenburg und von dort entweder über den Bahnhof Spandau auf die Strecken nach Hannover bzw. Hamburg und Uelzen oder über den Bahnhof Wannsee nach Potsdam Hauptbahnhof und weiter in Richtung Magdeburg oder Halle (Saale).
Viele Züge aus westlicher Richtung fahren aber nicht mehr über die Stadtbahn, sondern werden über den Hut des Pilzes, also die nördliche Ringbahn, in den Hauptbahnhof geführt, dann nämlich, wenn sie weiter gen Süden etwa nach Dresden, Leipzig oder München fahren.
Was noch zu tun ist
Allerdings stellen vor allem die Nord-Süd-Verbindungen sind noch unvollständig. Die alten Bahnen Richtung Magdeburg einerseits und Dresden andererseits sind noch nicht in Betrieb, da vor allem die Führung der Linie im südlichen Berliner Lichtenrade umstritten ist.
Am Hauptbahnhof laufen alle durch Berlin verkehrenden RegionalExpress-Linien zusammen. Sie erschließen einen weiten Teil Brandenburgs und Mecklenburg-Vorpommerns.
